JRRCとグループ契約を締結するに際し、海外の事業所も使用場所として列記した。

JRRCとの利用許諾契約の適用範囲は、国内事業所に限定されており、海外事業所は対象に含まれませんので記載しないでください

卒業文集の表紙に使うため、書籍のイラストをコピーした。

学校の生徒の卒業文集に使用するためのコピーは、著作権法の「授業の過程における使用」には当たりませんので、例外規定（第35条第1項）は適用されません。
このような利用については、著作権者（出版者、若しくは、イラストの著作者）の許諾が必要となります。

予備校で授業用に参考書籍の一部をコピーして生徒に配布した。

当該予備校が著作権法上の「学校その他の教育機関」に該当する場合は、著作権者の許諾を得る必要はありません（第35条第1項）
「学校」については、学校教育法の規定によります。もし当該予備校が「学校その他の教育機関」に該当しなければ著作権者の許諾を得る必要があります。

大学の講義で学生に配るため、参考文献をコピーした。

例外規定（第35条第1項）に該当する場合であれば、必要な限度（必要最小部分で、概ね50人程度のクラス）のコピーの場合は著作権者の許諾は必要ありません。

大学の卒論に使用するため、参考文献の一部をコピーした。

大学の卒論に使用する場合は、「引用」に該当すれば著作権者の許諾は必要ありません（第32条第1項）
ただし引用になるかどうかは、別途確認が必要です。

参考になる棋譜が囲碁雑誌に載っていたので、そのページをコピーし、囲碁同好会でメンバーに配布した。

たとえ非営利の同好会であっても著作権者の許可なく雑誌記事のコピーを行い、配布することは違法となりますのでご注意ください。
但し、「棋譜」だけのコピーであれば、棋譜は著作物ではありませんので、著作権の侵害には当たりません

病院や薬局の受付に、無料配布用に健康雑誌の記事のコピーを置いた。

たとえ医療機関等であっても、著作権者に許可なく雑誌記事のコピーを行い、配布することは違法となりますので注意が必要です。

コンビニで雑誌を立ち読みしていたら、興味のある記事が載っていたので、購入後その記事をコンビニのコピー機でコピーした。

私的使用のためにコンビニのコピー機を使用して雑誌のコピーを行うことは著作権法の例外規定（附則第5条の2）で認められています。
しかし、業務目的であれば違法となりますのでご注意ください。

うすうす違法ではないかと思っていたが、まあ大丈夫だろうと思って新聞の切り抜きや週刊誌の関連記事を許諾なくコピーして関連部署に配布していた。

著作権法の権利侵害があった場合は、違反した社員だけでなく、法人に対しても最高3億円以下の罰金が科されることになりますので、適法にコピーを行うことが必要です。

非営利のボランティア団体で、会議に使用するために参考書籍の一部分をコピーして配布した。

非営利であれば、いくらコピーしても構わないと誤解されている方も多いと思われますが、著作権法では、非営利団体であることで例外規定が適用されるということはありません。このケースでは事前に著作者（あるいは出版者）の許諾を得る必要があります。
なお、JRRCに管理が委託されている著作物であれば、JRRCが権利者に代わって利用を許諾できる場合があります。

部内会議で参考資料として新聞の関連記事を20部コピーして配布した。

JRRCと著作物複写利用許諾契約を締結していれば、会議席上配布資料として、その記事の20部までのコピーをすることについては契約範囲に含まれます。

運動会や文化祭等の学校行事で使用するため、書籍の一部をコピーした。

学校の行事で使用するためのコピーであれば、著作権者の許諾を得る必要はありません。（ケーススタディ「予備校での授業・・」の解説参照）

自社の記事が新聞・雑誌に掲載されたので、それぞれ該当部分をコピーし、社員に配布した。

自社に関する記事なので自社が自由にその記事を使用できると思いがちですが、そのような場合でも、著作権は新聞社や出版者にありますので、事前に新聞社や出版者の許諾を得る必要があります。JRRCと利用許諾契約を締結することにより、管理委託されている新聞、雑誌等であれば、一定の範囲の利用について適法なコピーが可能になります。